در دهه سی، رهبری استالینیستی پاکسازی گسترده ستاد فرماندهی ارتش سرخ را انجام داد. در مورد این دوره مطالب زیادی نوشته شده است، حتی تا مدت ها سرکوب علیه رهبران حزب و رهبران نظامی دلیل اصلی شکست های پیاپی در دوره اولیه جنگ به شمار می رفت.
ژنرال گورباتوف تقریباً دو سال و نیم را در اردوگاه ها گذراند، از اکتبر 1938 تا مارس 1941. دلیل دستگیری شجاعت در اختلاف با بازرسان NKVD بود که دوست او را به خیانت متهم کردند. فرمانده تیپ، معاون فرمانده سپاه ششم سواره نظام، از تمام جوایز دولتی محروم شد و به برده بی حقوق گولاگ تبدیل شد که سطحی پایین تر از جنایتکاران در سلسله مراتب زندان را اشغال می کرد. دزدان و قاتلان فرمان‌دهنده محترم را مسخره می‌کردند و فراموش نمی‌کردند که به او یادآوری کنند که دولت که برای محافظت از آن فراخوانده شده بود، چگونه با او رفتار کرد.
ممکن بود به او شلیک شود، اما به دلایلی این کار را نکردند. ظاهراً متهورترین و با استعدادترین فرماندهان در ذخیره نگه داشته می شدند. آنها او را مجبور کردند که رنج بکشد، اما روکوسفسکی را نکشتند. ژنرال گورباتوف نیز جرعه ای نوشید.
او زنده ماند، ودرست قبل از جنگ آزاد شد و دوباره به کارش بازگردانده شد. زمان آزمایش های سخت نزدیک بود. در ژوئن 1941، ارزش فرماندهان شایسته و شجاع بالاتر از خبرچین ها و قایق ها بود.
ژنرال گورباتوف بهترین خصوصیات انسانی خود را حفظ کرد، کولیما او را شکست. او با گذراندن تمام مراحل یک حرفه نظامی، از خصوصی، از سرباز قدردانی می کرد و سعی می کرد به گونه ای بجنگد که مجبور شود تا حد امکان کمترین تشییع جنازه بفرستد. کار آسانی نبود، مجبور بودم اغلب بحث کنم. فرمانده به خوبی می دانست که چگونه اعتراض به مقامات می تواند پایان یابد.
در طول نبرد در دونتس شمالی، یکی از این اختلافات منجر به برکناری از قدرت شد. امتناع از اجرای دستور بی‌معنا می‌توانست به عواقب غم‌انگیزتری منجر شود، اما نبرد کورسک آغاز شد و ژنرال گورباتوف دوباره مورد نیاز بود.
وقتی نوبت به ابتکار عمل و مسئولیت پذیری رسید، این فرمانده دریغ نکرد. تصمیماتش درست بود، قاطعانه عمل کرد و از خشم مافوقش هراس نداشت.
در سال 1944، هیئتی از کارگران جبهه خانگی، معدنچیان دونتسک، از ارتش فعال بازدید کردند. آنها به فرماندهی در مورد مشکلاتی که در مناطق آزاد شده به وجود آمد و اینکه معدن زغال سنگ تمام عیار به دلیل کمبود چوب مانع شد، گفتند. ژنرال الکساندر گورباتوف دستور ارسال قطاری از کنده های بی مالک را از لهستان به عقب صادر کرد. عواقب این عمل می‌توانست غم‌انگیزترین باشد، اما پس از آن خود I. V. Stalin به دفاع از فرمانده قاطع ایستاد. او به نتایج تحقیقات پی برد و پرونده را با ضرب و شتم بستاین: "گوژپشت گور درست خواهد کرد…"
افرادی که زیر نظر این فرمانده فوق العاده خدمت می کردند به صراحت و صداقت او آلوده شدند. یک کارمند سالخورده پزشکی که برای درمان ضایعه نخاعی وی در حین کار اردوگاه به ژنرال منصوب شده بود، اذعان داشت که موظف است از تمام صحبت‌های فرمانده ارتش سوم گزارش دهد. توضیحات ناخوشایندی با خود فرمانده معظم کل قوا صورت گرفت و پس از آن افسر ویژه غیور بیش از حد، جذب کننده مخبرین، به خط مقدم رفت.
در آوریل 1945، ژنرال گورباتوف ارتش خود را به سمت خود برلین هدایت کرد. بیوگرافی بدون تزیین در کتاب او «سالها و جنگها» آمده است. یادداشت های فرمانده» که بعد از جنگ نوشته شده است. زندگی دشوار بود، اما صادقانه، همانطور که سرنوشت یک سرباز روسی باید باشد.
